Document téléchargeable ou imprimable qui retrace les flux financiers en débit pour l'entreprise. Le pré-paiement étant la règle, la facture est toujours postérieure au versement bancaire au profit de FranceAgriMer. La facture dans Expadon 2 est mensuelle (générée à la fin du mois). Dans les rares cas de remboursement Expadon 2 doit générer une facture d’avoir regroupant l’ensemble des informations de remboursement de certificats. Les factures acquittées ou les factures d’avoir sont consultables à tout moment par le demandeur pour la partie qui le concerne et par FranceAgriMer pour l’ensemble des demandeurs. Elles sont téléchargeables au format pdf.