Taxe perçue par FranceAgriMer définie par la loi en échange d'un service : utilisation d'Expadon 2 pour demander une certification, utilisation d'un vétérinaire officiel privé (VOP). La redevance n'est pas soumise à TVA. Les redevances phytosanitaires (et sanitaires à terme) sont des taxes perçues par le Ministère du budget de l'Etat (DRFIP) dues à l'occasion d'une demande de certificat ou d'une visite de contrôle. Dans ce cas il n'y a pas de versement de fond au profit de FranceAgriMer. Expadon 2 recense le nombre de certificats émis et le nombre de visite, y applique le taux de la redevance et prépare l'état des sommes dues. L'argent des redevances phytosanitaire et sanitaires n'est pas géré par FranceAgriMer mais le Ministère du budget.